خطر قابل توجه عفونت های باکتریایی برای سلامت مردم در سراسر جهان، منجر به توسعه برنامه های بهداشت جهانی شده است. طی دهه های گذشته، مقاومت دارویی باکتریایی افزایش یافته است، در حالی که کشف آنتی بیوتیک های جدید به طور مداوم روندی نزولی داشته است. به همین دلیل امروزه جستجو برای عوامل ضد باکتری جدید به اولویت اصلی تبدیل شده است و در نتیجه، داروهای جایگزین و روش های جدیدی برای تولید محصولات میکروبی توسعه یافته است. به کمک ویرایش ژن و توالی یابی NGS، پتانسیل ژنتیکی بی نظیری برای ایجاد متابولیت های ثانویه توسط میکروارگانیسم های مختلف ایجاد شده است. متابولیت های ثانویه نقش مهمی در رشد سلولی، انتقال سیگنال، ارتباطات، رقابت درون گونه ای و بین گونه ای و تولید ترکیبات آلی با جرم مولکولی کم دارند. بنابراین، توجه بسیاری از محققان را برای جایگزین کردنشان با آنتی بیوتیک های معمولی، جلب کرده است. به محض اینکه باکتری ها نسبت به آنتی بیوتیک های نسل اول مقاوم شدند، درمان باید به آنتی بیوتیک های نسل دوم یا سوم تغییر یابد. بنابر این دست یابی به ترکیبات نوآورانه و قدرتمند با پتانسیل ضد سرطانی بالا و مطلوب نیازی جدی است؛ با این حال، اکثر داروهای ضد سرطانی استفاده شده در حال حاضر عوارض جانبی دارند. هدف از این مقاله مروری ارزیابی استفاده از انواع مختلف متابولیت های ثانویه میکروبی برای پیشگیری و درمان بیماری های عفونی با بررسی هزینه ها، مزایا، معایب و عوارض جانبی آن ها است.